Para conhecer os motivos pelos quais a legitimidade do Ethnologue como gerenciador dos códigos ISO 639-3 é questionada, vide discussão na lista Etnolingüística.
Os códigos ISO 639-3 apresentam ainda várias inconsistências. Além disso, grande parte (provavelmente, a maioria) dos pesquisadores que trabalham com línguas sul-americanas contestam a legitimidade do Ethnologue (pertencente ao SIL, uma entidade de cunho missionário) como gerenciador do processo de criação de novos códigos e revisão de códigos já existentes. Isto faz com que seja improvável que tais pesquisadores se disponham a submeter correções ao ISO 639-3. Até que tais problemas sejam resolvidos, tais códigos são listados no catálogo como apenas um dentre vários outros possíveis identificadores.