Uma língua pode ser conhecida por diversos nomes, variando de acordo com a época e local em que foi documentada, a nacionalidade do autor da documentação, etc. O nome preferencial apresenta pelo menos duas qualidades: (1) é aquele comumente usado em trabalhos contemporâneos sobre a língua produzidos no país em que é falada e (2) evita conotações pejorativas com relação a seus falantes. O ideal é que tanto os autores que trabalham com uma determinada língua, quanto os falantes de tal língua estejam de acordo quanto a que nome usar.
No caso do Karajá, por exemplo, todos os trabalhos produzidos a partir da década de 1950 usam a mesma denominação e a mesma grafia (Karajá), abolindo grafias alternativas como Carajá e Carayá. Embora esta não seja a autodenominação da etnia ou de sua língua, é um termo consolidado e de uso neutro, aceito pelos próprios falantes e adotado por eles como sobrenome. Historicamente, o termo provém de línguas Tupí-Guaraní, com o significado de 'guariba' (um tipo de macaco). Apesar desta origem histórica, seu uso atual (e mesmo ao longo dos dois últimos séculos) não tem qualquer conotação pejorativa. Conseqüentemente, a tag usada para esta língua é simplesmente karajá.